Sistema de Informação para Coleções de Interesse

Biotecnológico

Sidnei de Souza

Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA

24º Congresso Brasileiro de Microbiologia

Brasília, 04 de outubro de 2007

ObjetivosObjetivos

� Fase I� Documentação do acervo e processos de coleções de microorganismos

(bactérias, fungos, leveduras e protozoários)Táxons, Linhagens, Instituições, Pessoas, Documentos, Referências Bibliográficas

� Inserção, edição e consultas básicas

� Catálogo para acesso on-line [protótipo]

� Fase II� Documentação dos processos de Preservação, Controle de Qualidade e Estoque

• Fase III…� Implantação nas coleções participantes do projeto, testes reais dos módulos já

desenvolvidos� Relatórios específicos e catálogo para acesso on-line� Busca avançada� Integração com SIColNet e speciesLink� Histórico de operações� Etc.

Principais caracterPrincipais caracter íísticas e sticas e capacidadescapacidades

� Baseado no modelo de dados do CABRI (www.cabri.org )� Adaptado para atender às necessidades das coleções da rede SICol

� Interface WEB� Utiliza o navegador web como interface para o usuário

� Free OpenSource� Utiliza apenas linguagens e tecnologias computacionais de código livre e gratuito� Arquitetura em camadas� Padrões internacionais

� Formatação de Texto na entrada de dados� Permite que os textos inseridos tenham formatações básicas como negrito, itálico,

links, etc.

� TextLink� Linguagem própria para referenciar documentos, links,

referências bibliográficas e espécies

FormataFormata çção de ão de TextoTexto

TextLinkTextLink

Documentos

Sintaxe: [DOC: <code>]<code> é o código do DOCUMENTO referenciadoObs.: O Documento referenciado é o do Idioma vigent e

Exemplo: [DOC:teste]

Referências Bibliográficas

Sintaxe: [REF: <id_ref>]<id_ref> é o código da REFERÊNCIA BIBLIOGRÁFICA referenciada

Exemplo: [REF:1]

Links Externos

Sintaxe: [LINK :<url>| <title>]<url> é um endereço para uma página da web (sem o 'http:/ /') <title> é o texto que será usado como link na páginaO <title> é opcional, se não existe, é usada a URL

Exemplo: [LINK:www.cria.org.br|CRIA]

Espécies

Sintaxe: [TAX :<taxon>]<taxon> é o nome completo do taxon

Exemplo: [TAX:Leishmania braziliensis]

� Multi Plataforma� Windows, Linux , MacOS, etc.

� Multi Servidor� Apache , Microsoft IIS , etc.

� Multi Browser� Mozilla Firefox , Microsoft IE , Safari, etc.

� Multi SGBD� MySQL• PostgreSQL, MS-SQL Server, etc.

Multi-Idiomas para telas (operação)� Menus de navegação e rótulos dos campos em várias línguas

português , inglês já implementados

� Multi-Idiomas para conteúdo de campos (por sub-coleção)� O conteúdo de alguns campos pode ser armazenado em mais de

uma língua a critério da coleção

Principais caracterPrincipais caracter íísticas e sticas e capacidadescapacidades

MultiMulti --colecole çções e subões e sub --colecole ççõesões

Número da linhagem não se repete dentro de umacoleção

Linhagem 2Linhagem 1 Linhagem 3 Linhagem 1 Linhagem 2

Coleção 1

Sub-coleção 1CCC-B

Sub-coleção 2CCC-L

Coleção 2

sub-coleção 1CCM

Instalação

Principais caracterPrincipais caracter íísticas e sticas e capacidadescapacidades

MultiMulti --ArquiteturaArquitetura de implantade implanta ççãoão

BDSICol

BD

SICol

BDSICol

Principais caracterPrincipais caracter íísticas e sticas e capacidadescapacidades

SICol SICol

BDBD

MultiMulti --ArquiteturaArquitetura de implantade implanta ççãoão

Principais caracterPrincipais caracter íísticas e sticas e capacidadescapacidades

� Segurança� Multi-usuários� Grupo de usuários� Controle de acesso no nível de registro

� Histórico de Operações� Registro de todas as operações realizadas no sistema será implementado

para garantir a rastreabilidade

� Campos de Seleção (combos) Configuráveis� O conteúdo de campos com conteúdo pré-definido pode ser configurado pelo

administrador do sistema para atender às necessidades de cada coleção

� Dicionário de Espécies� Apoio ao cadastro de espécies• Obtido de http://names.cria.org.br

Principais caracterPrincipais caracter íísticas e sticas e capacidadescapacidades

SeguranSeguran ççaa

� Nível 1• a quem se aplica: a cada Usuário• permissões: Acesso às Sub-Coleções

� Nível 2• a quem se aplica: a cada Usuário e/ou Grupo• permissões: Criar e/ou Apagar registros em cada Módulo

� Nível 3• a quem se aplica: a cada Usuário e/ou Grupo• permissões: Visualizar e/ou Editar cada registro de cada Módulo

� Nível 4• a quem se aplica: cada registro de cada Módulo• permissões: disponibilizar registros para Catálogo

MÓDULOS• Taxa• Linhagens• Instituições• Pessoas• Documentos• Referências Bibliográficas• Preservação• Distribuição

MÓDULOS• Taxa• Linhagens• Instituições• Pessoas• Documentos• Referências Bibliográficas• Preservação• Distribuição

Visão Visão GeralGeral

PESSOASINSTITUIÇÕES

DEPÓSITO

LINHAGENS

COLETA

ISOLAMENTO

CULTIVO

CARACTERÍSTICAS

GERAL

CQ

ESTOQUE

TÁXONS

PROPRIEDADES

DISTRIBUIÇÃO

INSTALAÇÃO

COLEÇÃO

SUB-COLEÇÃO

DOCUMENTOS REFERÊNCIAS

PRESERVAÇÃO

SEGURANÇA

GERAL

SEGURANÇA

GERAL

SEGURANÇA

GERAL

SEGURANÇA

GERAL

SEGURANÇA

GERAL

SEGURANÇA

GERAL

SEGURANÇA

GERAL

SEGURANÇA

� Histórico das operações ( log )

� Catálogo on-line e Relatórios específicos

� Busca avançada

� Alerta de estoque mínimo

� Interface Web para configuração do sistema

� Manual e Help

� Integração com SICol Net e species Link

� Campos criados pela coleção

� ...

Em desenvolvimento e Em desenvolvimento e estudoestudo

Exemplos de telasExemplos de telas

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Exemplos de telasExemplos de telas

Obrigado!

Sidnei de Souzasidnei@cria.org.br

Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIAwww.cria.org.br

Estruturar o sistema a fim de prover níveis suficientes de segurança, com uma arquitetura que ofereça uma qualidade de software compatível aos modelos abertos, o que possibilitará facilidades no entendimento, manutenção e expansões futuras. Esta estrutura segue o modelo de “Arquitetura em Camadas”, onde se tem:

� Camada de Apresentação

� Camada de Negócio

� Camada de Composição

� Camada de Dados

FreeFree OpenSourceOpenSource : Camadas: Camadas

� Camada de Apresentaçãoonde se reúne código e arquivos referentes ao que se apresenta ao usuário final. Esta camada, para uma interface web, ainda é dividida em quatro partes:

Interação : arquivos de código em linguagem JavaScript, proveêm uma melhor experiência de utilização do sistema pelo usuário final;Página : arquivos de código XHTML (Extensible HyperText Markup Language), proveêm a estrutura de cada página do sistema;Formatação : arquivos de código CSS (Cascading Style Sheets), definem toda a formatação e disposição de textos e objetos em cada página do sistema.Ilustração : arquivos de imagem utilizados nas páginas do sistema.

� Camada de Negóciomódulos em linguagem Python que reúnem todo o entendimento, lógica e funcionamento do sistema. Estão sendo desenvolvidos utilizando-se o conceito de “Programação Orientada à Objetos” (POO), que é adotado amplamente no setor de desenvolvimento por contribuir significamente pela independência de componentes, permitindo reutilizações e expansões rápidas e eficientes sem comprometer as bases da estrutura.

FreeFree OpenSourceOpenSource : : CamadasCamadas

� Camada de Composição

contém arquivos necessários e/ou auxiliares que podem ser usados por todas as demais camadas. Neste sistema, temos três partes desta camada:

SQL: módulos independentes de código SQL (Structured Query Language) usados de acordo com o Sistema Gerenciador de Banco de Dados (SGBD) em uso.Translations : arquivos que contém traduções de tela para os idiomas usados no sistema.Configs : arquivo usado para configurar a instalação do sistema e suas variáveis de ambiente.

� Camada de Dados

onde ficam as bases de dados mantidas pelos seus respectivos sistemas gerenciadores.

FreeFree OpenSourceOpenSource : : CamadasCamadas

� Programação• Orientação a Objetos; [1][2]• Implementação em multi-camadas. [3][4][5]• XML [19]

� Banco de Dados• MySql 5.0 [16]• Sqlite [17]• ISO/ANSI SQL-92 [18]

� Interface• XHTML 1.1; [6]• CSS 2.1; [7]• JavaScript Cross-browser; [8][9]• AJAX; [10][11]• Tableless. [12]

� Dados• RFC 3066; [13]• ISO 639; [14]• ISO 3166. [15]

� Referências[1] http://en.wikipedia.org/wiki/Object-oriented_programming[2] http://pt.wikipedia.org/wiki/POO[3] http://pt.wikipedia.org/wiki/N_camadas[4] http://en.wikipedia.org/wiki/Three-tier_(computing) [5] http://en.wikipedia.org/wiki/Multitier_architecture[6] http://www.w3.org/TR/xhtml11[7] http://www.w3.org/TR/CSS21[8] http://developer.mozilla.org/en/docs/JavaScript[9] http://www.mozilla.org/docs/web-developer/upgrade_2.html#DevCrossBrowser[10] http://pt.wikipedia.org/wiki/AJAX_(Web)[11] http://en.wikipedia.org/wiki/Ajax_(programming) [12] http://tableless.com.br/aprenda/faq/[13] http://www.ietf.org/rfc/rfc3066.txt[14] http://www.oasis-open.org/cover/iso639a.html[15] http://www.iso.org/iso/en/prods-services/iso3166ma/02iso-3166-code-lists/index.html[16] http://www.mysql.org/doc/refman/5.0/en/index.html[17] http://www.sqlite.org[18] http://www.contrib.andrew.cmu.edu/~shadow/sql/sql1992.txt[19] http://www.w3.org/TR/2006/REC-xml-20060816

FreeFree OpenSourceOpenSource : : PadrõesPadrões