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Anotação reversa de um transcriptoma. Bases de dados secundárias: COG@NCBI, KOG@NCBI KO@KEGG UniRef50@UniProt, GOA@UniProt RefSeq@NCBI, GENE@NCBI BioCarta@CGAP Grupos de ortólogos, nomes e categorias editadas Mineração e seleção de candidatos a seqüenciamento Play query play subject. - PowerPoint PPT Presentation
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BIOINFORMÁTICA UFMG
A T
GC
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A T
GC Anotação reversa de um transcriptoma
Bases de dados secundárias:– COG@NCBI, KOG@NCBI– KO@KEGG – UniRef50@UniProt, GOA@UniProt– RefSeq@NCBI, GENE@NCBI– BioCarta@CGAP
Grupos de ortólogos, nomes e categorias editadas
Mineração e seleção de candidatos a seqüenciamento
Play query play subject
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A T
GC Schistosoma mansoni
Distante de outros organismos modelo (MO)
Pode ser anotado “reversamente”?– C. elegans– D. melanogaster– H. sapiens– A. thaliana (pq não?)
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A T
GC pUC18 proteina virtual
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A T
GC MO compõem bases secundáriasseriam suficientes?
Hits NOT S. mansoni Hits MO
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A T
GC BLAST contra MO ou nr-NCBImuito similar (principalmente >100)
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A T
GC Codon Balance suporta a seleção de clones completos
Proteína MO
EST
Saldo de Códons Positivo
tBLASTn: (subjinit / 3) – queryinit
Programa de seqüenciamento
completo
clone
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A T
GC S. mansoni - ribosomo
GenBank
14
13
ONSASmAE comprising
entire coding region
39
28
MGNOMEComplete CDS
program
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A T
GC pUC18 proteina virtual
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GC Protein Classification Tool @biodados
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A T
GC Choose bases and check against “nr”
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A T
GC Returns identification plus category
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